Przygotowanie do zabiegu obejmuje konsultacje specjalistyczne, podczas których lekarz ocenia stan fizyczny i psychiczny osoby, która chce poddać się metoidioplastyce. Zwykle konieczne jest wykonanie kompletu badań, w tym m.in.: USG, morfologii, badań funkcji nerek czy ocenę stanu serca. W trakcie konsultacji omawiane są również możliwe ryzyka i korzyści zabiegu, a także opcje znieczulenia.
Przed zabiegiem należy przestrzegać zaleceń dotyczących diety i higieny osobistej. Na kilka tygodni przed metoidioplastyką zaleca się rezygnację z używek, które mogą zwiększać ryzyko wystąpienia powikłań. W wielu przypadkach zaleca się również stosowanie hormonów, co pozwala na uzyskanie odpowiednich efektów w zakresie rozwoju płciowego.