Rektoskopię wykonuje się zazwyczaj w celu zdiagnozowania przyczyny problemów dotyczących dolnego odcinka przewodu pokarmowego. Do najczęstszych wskazań należą:
- Krwawienia z odbytu – sygnalizowane są obecnością świeżej krwi na papierze toaletowym lub w stolcu. W tym wypadku rektoskopia pozwala uściślić, czy przyczyną krwawienia są np. hemoroidy, czy też polipy lub inne zmiany chorobowe.
- Ból i dyskomfort okolicy odbytu.
- Zaburzenia rytmu wypróżnień – na przykład częste zaparcia, biegunki lub naprzemienne zaparcia i biegunki.
- Podejrzenie chorób zapalnych jelit – na przykład wrzodziejącego zapalenia jelita grubego.
- Podejrzenie występowania polipów lub zmian nowotworowych – w trakcie retroskopii można pobrać wycinki do badań histopatologicznych.
Rektoskopii raczej nie wykonuje się rutynowo i profilaktycznie, choć osoby z grupy ryzyka (np. po wyleczeniu nowotworu dolnego odcinka przewodu pokarmowego lub z dodatnim wywiadem rodzinnym w kierunku nowotworów odbytu) mogą mieć zlecane to badanie np. na przemian z kolonoskopią.